西晉王朝滅亡后，漢族政權(quán)退守江東。公元317年，鎮(zhèn)守建康(今江蘇南京)的晉宗室司馬睿在江南重建晉室，史稱東晉。東晉政權(quán)維持了長期的偏安統(tǒng)治，到公元420年被劉裕所建立的宋所取代，共享國103年，歷4代11帝。
公元316年，西晉的末代皇帝司馬鄴被俘，宣告了西晉的滅亡，但一些晉朝的舊臣并不甘心亡國的命運(yùn)，仍在全國各地積極活動，準(zhǔn)備恢復(fù)晉朝的統(tǒng)治。三一七年，瑯琊王司馬睿在南渡過江的中原氏族與江南氏族的擁護(hù)下，在建康稱帝，國號仍為晉，司馬睿是為晉元帝，因其繼西晉之后偏安于江南，故史家稱之為東晉。
東晉是門閥政治發(fā)展的鼎盛時(shí)期，皇權(quán)衰落。司馬睿稱帝有賴于南方官僚士族的擁戴，東晉政權(quán)建立之初，先后平息了王敦和蘇峻之亂，統(tǒng)治趨于穩(wěn)定。門閥大族王、謝、庾、桓先后支配著王朝政局。
東晉雖然偏安于江南，但在歷代帝王在位的時(shí)候都希望收復(fù)北方的國土。其中以王、謝、桓、庾四大家族為主的北伐，在東晉時(shí)曾進(jìn)行過多次，在其中也不乏名將的指揮。公元311年，大將祖逖出兵收復(fù)河北，但后因受到朝廷的排斥憂郁而死，最終未能完成統(tǒng)一大業(yè)。在此之后，當(dāng)權(quán)的士族多標(biāo)榜北伐以增加門戶威望，其中以桓溫的三次北伐最為著名。他曾經(jīng)收復(fù)洛陽，進(jìn)入關(guān)中，進(jìn)兵河北，但都未能夠鞏固北伐成果。公元386年，前秦南下，東晉面臨空前威脅，在宰相謝安的運(yùn)籌下，謝石、謝玄率北府兵大敗前秦軍隊(duì)，取得了淝水之戰(zhàn)的決定性勝利。之后立即使其弟進(jìn)軍北方，收復(fù)了徐、兗、青、司、豫、梁六州，取得了東晉北伐歷史上的第一次重大勝利。此后，南方由于外亂威脅解除而爆發(fā)內(nèi)戰(zhàn)，孫恩、盧循起兵。桓玄在內(nèi)戰(zhàn)中獲勝，一度篡晉。北府兵將領(lǐng)劉裕起兵鎮(zhèn)壓了農(nóng)民軍，并通過北伐樹立威望，最終取代東晉。
由于東晉統(tǒng)治者安于江南，不以恢復(fù)中原為意，門閥大族致力于南方的莊園經(jīng)營。北方大族及大量漢族人口遷徙江南，使得江南的名士與渡江的中原人士有了更多的交流機(jī)會，促進(jìn)了社會文化的發(fā)展。自曹魏以來，中國的文學(xué)發(fā)展一直處于大步前進(jìn)的時(shí)期，其中以東晉年間的文人最為著名。東晉出現(xiàn)了山水詩人謝靈運(yùn)、田園詩人陶淵明等人，他們對舊體詩作出改革，為將來隋、唐的詩文盛世創(chuàng)造了前提條件。在社會生產(chǎn)上，北方的手工業(yè)技術(shù)與南方的技術(shù)相互融合，使東晉的手工業(yè)水平比西晉有了大幅度的提高。南下的北方農(nóng)民和土著農(nóng)民辛勤勞動，開辟南方廣大的山澤荒野，促進(jìn)了江南的開發(fā)，使中國經(jīng)濟(jì)重心開始由黃河流域向長江流域轉(zhuǎn)移。
當(dāng)東晉在江南建國的同時(shí)，中國的北方則陷入分裂混戰(zhàn)，黃河流域成為匈奴、羯、鮮卑、氐、羌等五個(gè)主要游牧民族爭殺的戰(zhàn)場，并分別建立了自己的國家，相互爭霸，不斷有國家成立和滅亡。從公元304年匈奴貴族劉淵建立漢國，316年滅掉西晉，到439年鮮卑拓拔部統(tǒng)一北方，這130多年里，北方各民族相互爭戰(zhàn)，先后建立了前趙(匈奴)、后趙(羯)、前燕(鮮卑)、前涼(漢)、前秦(氐)、后秦(羌)、后燕(鮮卑)、西秦(鮮卑)、后涼(氐)、南涼(鮮卑)、西涼(漢)、北涼(盧水胡)、南燕(鮮卑)、北燕(漢)、夏(匈奴)等十五個(gè)政權(quán)，連同西南氐族建立的成漢，共十六國，和東晉漢族政權(quán)長期對峙，史稱五胡十六國。
除十六國之外，還有漢人冉閔建立的魏、丁靈翟氏建立的魏、武都氐帥楊氏建立的仇池國、鮮卑慕容氏建立的西燕、鮮卑拓跋氏建立的代五個(gè)政權(quán)，總計(jì)先后建立了21個(gè)政權(quán)。上述政權(quán)中，后趙、前燕、前秦都曾占據(jù)過北方的大部分疆域。4世紀(jì)下半期，氏族貴族建立的前秦，由于皇帝苻堅(jiān)勵(lì)精圖治，國家逐漸強(qiáng)盛，基本上統(tǒng)一了北方。公元383年，苻堅(jiān)領(lǐng)兵80萬進(jìn)攻東晉，雙方在淝水展開決戰(zhàn)。最終以東晉勝利、前秦失敗告終。淝水之戰(zhàn)后，前秦統(tǒng)治瓦解，北方了再度陷入四分五裂和軍閥混戰(zhàn)壯態(tài)。
由于少數(shù)民族的入主中原，使他們更多的接觸到華夏文化，使之與漢民族逐漸發(fā)展為同一生活習(xí)慣的民族，進(jìn)而被漢族融合。自魏、晉、南北朝之后，中原北方大體已形成以漢族為主，其他少數(shù)民族混居的人口構(gòu)成形式，使中國正式成為具有相似生活習(xí)慣的多民族國家。
五胡十六國興亡表
| 國名 | 創(chuàng)建人 | 民族 | 都城 | 統(tǒng)治地區(qū) | 公元年代 | 滅于何國 |
| 漢、前趙 | 劉淵 | 匈奴 | （初）平陽（遷）長安 | 陜西、山西、河南、甘肅各一部 | 304-329 | 后趙 |
| 成漢 | 李雄 | 巴氏 | 成都 | 四川東部、云南、貴州一部 | 304-347 | 東晉 |
| 前涼 | 張是 | 漢 | 姑藏 | 甘肅西部、新疆東部、寧夏西部 | 317-376 | 前秦 |
| 后趙 | 石勒 | 羯 | （初）襄國（遷）鄴 | 河北、山西、河南、山東、陜西、江西、江蘇、安徽、甘肅、遼寧的一部分 | 319-351 | 冉魏 |
| 冉魏 | 冉閔 | 漢 | 鄴 | 同上 | 350-352 | 前燕 |
| 前燕 | 慕容煌 | 鮮卑 | （處）龍城（遷）鄴 | 河北、山西、河南、山東、陜西、江西、江蘇、遼寧的一部分 | 337-370 | 前秦 |
| 前秦 | 符洪 | 氐 | 長安 | 河北、山西、山東、陜西、甘肅、河南、四川、貴州、遼寧、江蘇、安徽、湖北的一部分 | 350-394 | 后秦 |
| 后秦 | 姚長 | 羌 | 長安 | 陜西、甘肅、寧夏、山西一部分 | 384-417 | 東晉 |
| 后燕 | 慕容垂 | 鮮卑 | 中山 | 河北、山東、山西和河南、遼寧的一部分 | 384-407 | 北燕 |
| 西燕 | 慕容泓 | 鮮卑 | （初）長安（遷）長子 | 山西一帶 | 384-394 | 后燕 |
| 西秦 | 乞伏國仁 | 鮮卑 | 菀川 | 甘肅西南部 | 385-431 | 夏 |
| 后涼 | 呂光 | 氐 | 姑藏 | 同前涼 | 386-403 | 后秦 |
| 南涼 | 禿發(fā)烏孤 | 鮮卑 | （初）西平（遷）樂都 | 甘肅西部、青海一部 | 397-414 | 西秦 |
| 南燕 | 慕容德 | 鮮卑 | 廣固 | 山東、河南的一部分 | 398-410 | 東晉 |
| 西涼 | 李嵩 | 漢 | （初）敦煌（遷）酒泉 | 甘肅極西部 | 400-421 | 北涼 |
| 夏 | 赫連勃勃 | 匈奴 | 統(tǒng)萬 | 陜西北部、內(nèi)蒙古一部 | 407-431 | 吐谷渾 |
| 北燕 | 馮跋 | 漢 | 龍城 | 河北東北部、遼寧 | 407-436 | 北魏 |
| 北涼 | 沮渠蒙遜 | 匈奴 | 張椅 | 甘肅西部 | 401-439 | 北魏 |
| 代 | 拓跋倚盧 | 鮮卑 | 平城 | 內(nèi)蒙古及山西北端 | 315-376 | 前秦 |
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