日本的國立大學總共有97所，除去專業(yè)性的大學，絕大多數(shù)地方只有一所國立大學，如果是挑選某個地區(qū)，在大多數(shù)情況下實際上意味著只能申請一所大學。另外，有些大學招收研究生有嚴格的限制，如只接受公費留學生，或與之有學術(shù)交流協(xié)定、學生交換協(xié)定大學的學生等。
絕大多數(shù)日本大學研究生的錄取采取指導教授決定制。教授接受申請者的最基本前提是其所研究的專業(yè)課題必須與教授一致。不論在哪個國家，研究同一課題的導師都是有限的，在同一所大學里研究同一課題的導師就更少了。另外，即使成功地對上了導師的研究課題，但導師接受的研究生是有限的，一般只帶一、兩個人，名額已滿的情況很多，導師出國講學不便接受研究生的情況也不少。
這些因素就決定了導師聯(lián)系的方式——這個不行聯(lián)系另一個，也就是說只能是以專業(yè)課題來聯(lián)系導師，從而確定學校，確定地區(qū)，而不是相反，更不是以其他因素來確定，否則申請渺茫。
不少大學對申請者的資格有一些特別的要求，如有的大學要求必須提供日本留學考試成績，由于該考試不在中國舉行，國內(nèi)的學生無法申請有此類要求的學校;有的要求提供日語能力考試成績或托福成績，沒有這方面成績的申請者無法申請有此要求的學校;有的專業(yè)要求必須在大學期間學習過該專業(yè)，如果沒有這些資格而非選擇某個地區(qū)、某個學校，那是不可能申請成功的。
教授是否接受申請者的因素主要有：
1、申請者的基本條件象學歷、語言水平
2、基礎(chǔ)學力即知識水平和研究能力
3、培養(yǎng)潛力
后兩項主要是通過成績表、研究業(yè)績、論文、作品以及研究課題的確定、研究計劃書的寫作來判定。除次之外，還要看畢業(yè)學校的檔次，一般情況下，畢業(yè)學校檔次應與所申請的學校的檔次相當，如果差的太多將會影響申請。