為探索項目資金效益審計的路子，審計署進行了認真規(guī)劃，并組織實施。如在審計署制定的《1999至2003年審計工作發(fā)展綱要》中提出了“積極開展對農(nóng)業(yè)專項資金使用效果的審計，逐步建立對資金使用效果的審計評價指標體系，促進提高資金使用效益”、“探索評審資源環(huán)保政策的執(zhí)行效果”、“揭露和反映重復建設(shè)和盲目投資等問題，促進提高固定資產(chǎn)的投資質(zhì)量和效益”等效益審計的目標。其效益審計成果在歷年的審計工作報告中也有反映。如1999年度查證的國家重點（專業(yè)）實驗室利用世界銀行貸款引進設(shè)備長期閑置、利用率不高，國家重點建設(shè)項目建成即報廢，虛報國債項目套取國家資金；2000年度審計工作報告中披露的16個?。▍^(qū)、市）1999年102個國債項目不嚴格執(zhí)行招投標制、工程監(jiān)理制和項目法人制的問題，40個公路項目中的36個沒有嚴格執(zhí)行招投標制和工程監(jiān)理制問題；2001年度審計工作報告中披露的鐵道部從國外購買的不合格鋼軌問題，虛報退耕還林試點完成量騙取各項補助問題；2002年度審計工作報告中披露的污水處理項目未按照計劃完工或開工、設(shè)備閑置的問題，機場建設(shè)布局不合理、建設(shè)標準和規(guī)模過度超前的問題等，實際上都是對效益的評價。
從1983年審計機關(guān)成立一直到2002年，由于被審計對象履行受托經(jīng)營管理責任的有限性、經(jīng)濟社會違規(guī)違紀問題的嚴重性和審計機關(guān)開展效益審計專業(yè)能力的限制，審計機關(guān)開展的審計項目主要以評價合規(guī)性為主，效益評價只是在合規(guī)性審計中予以關(guān)注，僅在2002年深圳市審計局組織實施了第一個單獨立項的國家效益審計項目———深圳市衛(wèi)生醫(yī)療設(shè)備及大型醫(yī)療設(shè)備使用管理績效審計。
三是在前期經(jīng)驗的基礎(chǔ)上，全面推動效益審計的發(fā)展。2003年以來，各級國家審計機關(guān)根據(jù)自身的業(yè)務(wù)能力，適應審計環(huán)境的變化要求，不同程度地組織實施了單獨立項的效益審計項目。推動效益審計開展的外部條件主要有四個：第一，科學發(fā)展觀的提出及貫徹落實帶來的經(jīng)濟增長方式、行政管理方式的轉(zhuǎn)變，使審計工作評價被審計單位的經(jīng)濟責任成為必要和可能。在黨的十六屆三中全會上，黨中央首先提出了“堅持以人為本，樹立全面、協(xié)調(diào)、可持續(xù)的發(fā)展觀，促進經(jīng)濟社會和人的全面發(fā)展”的科學發(fā)展觀。黨的十六屆五中全會通過的《中共中央關(guān)于制定國民經(jīng)濟和社會發(fā)展第十一個五年規(guī)劃的建議》提出了全面貫徹落實科學發(fā)展觀的要求，并按照科學發(fā)展觀的要求制定了“十一五”時期經(jīng)濟社會發(fā)展的目標。貫徹落實科學發(fā)展觀就是要立足于節(jié)約資源、保護環(huán)境，使經(jīng)濟增長中主要依靠資源投入向主要依靠資源利用率轉(zhuǎn)變，使經(jīng)濟增長方式向集約型轉(zhuǎn)變，提高質(zhì)量效益。貫徹落實科學發(fā)展觀要求政府部門從粗放式管理向績效管理轉(zhuǎn)變，并建立行政問責制度和績效預算制度。國家審計作為國家財政收支、財務(wù)收支的綜合經(jīng)濟監(jiān)督機關(guān)，應當適應審計環(huán)境的發(fā)展要求，圍繞黨和政府的中心工作，在關(guān)注財政財務(wù)收支真實、合法性的同時，積極開展效益評價。第二，審計署審計工作報告披露問題的力度加大和審計公告制度的實施催生了審計機關(guān)的效益審計。2004年以來，審計署在審計工作報告中加大了披露問題的力度，這種做法被輿論界稱為“審計風暴”，并獲得了全國人大、中央政府和社會各界的普遍認同。人們在歡迎審計機關(guān)公開被審計單位問題的同時，也期望這些問題得到切實的糾正，實行問責制度，追究有關(guān)當事人的責任，避免類似問題的再次發(fā)生。與不到10%的違規(guī)資金相比，90%以上合規(guī)使用的資金效益顯得更加重要，因此開展效益審計就成為審計機關(guān)一項十分緊迫的任務(wù)。第三，法規(guī)制度的完善為效益審計評價指標體系的建立提供了可能。如2004年《國務(wù)院關(guān)于投資體制改革的決定》為進一步落實企業(yè)投資的自主權(quán)，對企業(yè)投資的核準制進行了進一步規(guī)范，備案制進一步完善。2004年《財政部關(guān)于開展中央政府投資項目預算績效評價工作的指導意見》區(qū)分了項目前期、中期和項目竣工運營期的分階段績效評價，提出了從項目立項、可研、概算、建設(shè)過程、竣工決算、環(huán)境保護、后續(xù)運營等對項目進行全面評價，并提出了構(gòu)建中央政府投資項目預算績效評價體系思路。2005年財政部發(fā)布了《中央部門預算支出績效考評管理辦法（試行）》，對績效考評進行了進一步的規(guī)范。
此外，審計機關(guān)還為開展效益審計創(chuàng)造了必要的內(nèi)部條件。一是為效益審計的開展進行了必要的理論準備。雖然效益審計對我國審計機關(guān)來說是新生事物，但國外開展效益審計早可以追索到20世紀40年代，為了研究效益審計理論并借鑒國外的經(jīng)驗，審計署有關(guān)單位組織翻譯了大量的效益審計著作、案例、準則及指南，組織科研人員探索適合中國實際的效益審計內(nèi)容、方法。二是選拔和培養(yǎng)效益審計人才。為了開展效益審計，審計機關(guān)加大了錄用環(huán)保、水利、工程、農(nóng)業(yè)等非財務(wù)專業(yè)人員的比重，對現(xiàn)有審計人員采取送到國外審計機關(guān)參加效益審計項目實踐或者聘請國外專家在我國辦培訓班的方式進行培訓，同時鼓勵審計人員學習MPA或第二專業(yè)。審計機關(guān)特別重視計算機人才的培養(yǎng)，針對審計業(yè)務(wù)特點，有針對性地開展計算機中級培訓，一大批人員獲得了中級證書，這些人才在審計實踐中已經(jīng)發(fā)揮了重要的作用。三是審計機關(guān)在總結(jié)探索效益審計經(jīng)驗的基礎(chǔ)上，出版發(fā)行了《政府效益審計案例選編》、《深圳效益審計案例選編》和《固定資產(chǎn)投資審計案例》等培訓教材，供審計人員在效益審計中參考。
高審計機關(guān)和地方審計機關(guān)都對開展效益審計進行了規(guī)劃和部署。如《審計署2003年至2007年審計工作發(fā)展規(guī)劃》提出了到2007年效益審計的工作量占整個審計工作量的一半左右的目標。
地方審計機關(guān)也結(jié)合各地的實際情況，制定了適合本地特點的效益審計規(guī)劃。一些地方審計機關(guān)以法規(guī)的形式把效益審計作為單獨的審計類型加以明確。如2001年頒布的《深圳經(jīng)濟特區(qū)審計監(jiān)督條例》，2003年頒布的《湖南省審計監(jiān)督條例》和《珠海經(jīng)濟特區(qū)審計監(jiān)督條例》，2005年頒布的《汕頭經(jīng)濟特區(qū)審計監(jiān)督條例》和《青島市審計監(jiān)督條例》等法律法規(guī)都明確提出了效益審計的要求。
2003年以來，單獨立項的國家效益審計項目涵蓋了財政審計、企業(yè)審計和經(jīng)濟責任審計的各個方面。如審計署系統(tǒng)組織的開發(fā)區(qū)財稅政策專項審計調(diào)查、青藏鐵路環(huán)境保護資金使用情況審計調(diào)查、失業(yè)保險基金效益審計、重點流域水污染防治情況審計、某公司經(jīng)濟責任審計中的效益審計試點等。地方審計機關(guān)也組織開展了一些效益審計項目，如北京市西城區(qū)審計局開展的什剎海景區(qū)保護與更新改造資金效益審計、青島市開展的麥島污水處理廠效益審計、上海市審計局開展的政府利用外資環(huán)境保護項目效益審計、天津市審計局開展的天津市危舊房屋拆遷資金專項審計調(diào)查、江蘇省審計廳的某市長任期經(jīng)濟責任審計中效益審計試點等。深圳市審計局從2002年組織實施第一個單獨立項的效益審計項目以來，至2005年累計完成了25個獨立的審計項目。特別是近發(fā)布的《審計署2006年至2010年審計工作發(fā)展規(guī)劃》中對審計工作提出了“全面推進效益審計，到2010年初步建立起適合中國國情的效益審計方法體系”的目標要求，并具體規(guī)定了每年投入效益審計的力量占整個審計力量的一半左右，專項審計調(diào)查為效益審計的主要方式，揭露嚴重損失浪費或效益低下和國有資產(chǎn)流失問題為效益審計的重點，促進提高財政資金使用效益和管理水平為效益審計的主要目標。
效益審計一直是審計機關(guān)的法定職責，審計機關(guān)對效益審計的探索隨著社會主義市場經(jīng)濟體制的建立而開展，隨著社會主義市場經(jīng)濟體制的完善而發(fā)展。當市場經(jīng)濟體制從增強企業(yè)活力，實行承包制、股份制，建立現(xiàn)代企業(yè)制度時，效益審計就在企業(yè)審計方面首先進行了探索；當我國政府實施積極的財政政策，增發(fā)長期建設(shè)國債，對市場進行干預時，國家審計開展了公共項目或公共工程投資的效益審計；當黨和國家的中心工作是堅持以人為本，樹立全面、協(xié)調(diào)、可持續(xù)的發(fā)展觀，促進經(jīng)濟社會和人的全面發(fā)展時，國家審計開展了對財政資金使用效益的全面監(jiān)督。隨著法律法規(guī)的完善和權(quán)利責任邊界的明確界定，使準確評價被審計對象的經(jīng)濟責任成為可能；隨著科學發(fā)展觀和構(gòu)建和諧社會的深入，人大、政府和社會公眾對財政資金的使用效益日益關(guān)注；隨著審計機關(guān)“人、法、技”建設(shè)的加強和效益審計技術(shù)方法的完善，審計機關(guān)開展效益審計的能力將進一步增強。我國的效益審計將通過微觀效益審計項目的全面開展，在政策評估、責任界定和資金安全等方面發(fā)揮更大的作用，進一步促進政策的完善、責任的履行和發(fā)展的和諧。
從1983年審計機關(guān)成立一直到2002年，由于被審計對象履行受托經(jīng)營管理責任的有限性、經(jīng)濟社會違規(guī)違紀問題的嚴重性和審計機關(guān)開展效益審計專業(yè)能力的限制，審計機關(guān)開展的審計項目主要以評價合規(guī)性為主，效益評價只是在合規(guī)性審計中予以關(guān)注，僅在2002年深圳市審計局組織實施了第一個單獨立項的國家效益審計項目———深圳市衛(wèi)生醫(yī)療設(shè)備及大型醫(yī)療設(shè)備使用管理績效審計。
三是在前期經(jīng)驗的基礎(chǔ)上，全面推動效益審計的發(fā)展。2003年以來，各級國家審計機關(guān)根據(jù)自身的業(yè)務(wù)能力，適應審計環(huán)境的變化要求，不同程度地組織實施了單獨立項的效益審計項目。推動效益審計開展的外部條件主要有四個：第一，科學發(fā)展觀的提出及貫徹落實帶來的經(jīng)濟增長方式、行政管理方式的轉(zhuǎn)變，使審計工作評價被審計單位的經(jīng)濟責任成為必要和可能。在黨的十六屆三中全會上，黨中央首先提出了“堅持以人為本，樹立全面、協(xié)調(diào)、可持續(xù)的發(fā)展觀，促進經(jīng)濟社會和人的全面發(fā)展”的科學發(fā)展觀。黨的十六屆五中全會通過的《中共中央關(guān)于制定國民經(jīng)濟和社會發(fā)展第十一個五年規(guī)劃的建議》提出了全面貫徹落實科學發(fā)展觀的要求，并按照科學發(fā)展觀的要求制定了“十一五”時期經(jīng)濟社會發(fā)展的目標。貫徹落實科學發(fā)展觀就是要立足于節(jié)約資源、保護環(huán)境，使經(jīng)濟增長中主要依靠資源投入向主要依靠資源利用率轉(zhuǎn)變，使經(jīng)濟增長方式向集約型轉(zhuǎn)變，提高質(zhì)量效益。貫徹落實科學發(fā)展觀要求政府部門從粗放式管理向績效管理轉(zhuǎn)變，并建立行政問責制度和績效預算制度。國家審計作為國家財政收支、財務(wù)收支的綜合經(jīng)濟監(jiān)督機關(guān)，應當適應審計環(huán)境的發(fā)展要求，圍繞黨和政府的中心工作，在關(guān)注財政財務(wù)收支真實、合法性的同時，積極開展效益評價。第二，審計署審計工作報告披露問題的力度加大和審計公告制度的實施催生了審計機關(guān)的效益審計。2004年以來，審計署在審計工作報告中加大了披露問題的力度，這種做法被輿論界稱為“審計風暴”，并獲得了全國人大、中央政府和社會各界的普遍認同。人們在歡迎審計機關(guān)公開被審計單位問題的同時，也期望這些問題得到切實的糾正，實行問責制度，追究有關(guān)當事人的責任，避免類似問題的再次發(fā)生。與不到10%的違規(guī)資金相比，90%以上合規(guī)使用的資金效益顯得更加重要，因此開展效益審計就成為審計機關(guān)一項十分緊迫的任務(wù)。第三，法規(guī)制度的完善為效益審計評價指標體系的建立提供了可能。如2004年《國務(wù)院關(guān)于投資體制改革的決定》為進一步落實企業(yè)投資的自主權(quán)，對企業(yè)投資的核準制進行了進一步規(guī)范，備案制進一步完善。2004年《財政部關(guān)于開展中央政府投資項目預算績效評價工作的指導意見》區(qū)分了項目前期、中期和項目竣工運營期的分階段績效評價，提出了從項目立項、可研、概算、建設(shè)過程、竣工決算、環(huán)境保護、后續(xù)運營等對項目進行全面評價，并提出了構(gòu)建中央政府投資項目預算績效評價體系思路。2005年財政部發(fā)布了《中央部門預算支出績效考評管理辦法（試行）》，對績效考評進行了進一步的規(guī)范。
此外，審計機關(guān)還為開展效益審計創(chuàng)造了必要的內(nèi)部條件。一是為效益審計的開展進行了必要的理論準備。雖然效益審計對我國審計機關(guān)來說是新生事物，但國外開展效益審計早可以追索到20世紀40年代，為了研究效益審計理論并借鑒國外的經(jīng)驗，審計署有關(guān)單位組織翻譯了大量的效益審計著作、案例、準則及指南，組織科研人員探索適合中國實際的效益審計內(nèi)容、方法。二是選拔和培養(yǎng)效益審計人才。為了開展效益審計，審計機關(guān)加大了錄用環(huán)保、水利、工程、農(nóng)業(yè)等非財務(wù)專業(yè)人員的比重，對現(xiàn)有審計人員采取送到國外審計機關(guān)參加效益審計項目實踐或者聘請國外專家在我國辦培訓班的方式進行培訓，同時鼓勵審計人員學習MPA或第二專業(yè)。審計機關(guān)特別重視計算機人才的培養(yǎng)，針對審計業(yè)務(wù)特點，有針對性地開展計算機中級培訓，一大批人員獲得了中級證書，這些人才在審計實踐中已經(jīng)發(fā)揮了重要的作用。三是審計機關(guān)在總結(jié)探索效益審計經(jīng)驗的基礎(chǔ)上，出版發(fā)行了《政府效益審計案例選編》、《深圳效益審計案例選編》和《固定資產(chǎn)投資審計案例》等培訓教材，供審計人員在效益審計中參考。
高審計機關(guān)和地方審計機關(guān)都對開展效益審計進行了規(guī)劃和部署。如《審計署2003年至2007年審計工作發(fā)展規(guī)劃》提出了到2007年效益審計的工作量占整個審計工作量的一半左右的目標。
地方審計機關(guān)也結(jié)合各地的實際情況，制定了適合本地特點的效益審計規(guī)劃。一些地方審計機關(guān)以法規(guī)的形式把效益審計作為單獨的審計類型加以明確。如2001年頒布的《深圳經(jīng)濟特區(qū)審計監(jiān)督條例》，2003年頒布的《湖南省審計監(jiān)督條例》和《珠海經(jīng)濟特區(qū)審計監(jiān)督條例》，2005年頒布的《汕頭經(jīng)濟特區(qū)審計監(jiān)督條例》和《青島市審計監(jiān)督條例》等法律法規(guī)都明確提出了效益審計的要求。
2003年以來，單獨立項的國家效益審計項目涵蓋了財政審計、企業(yè)審計和經(jīng)濟責任審計的各個方面。如審計署系統(tǒng)組織的開發(fā)區(qū)財稅政策專項審計調(diào)查、青藏鐵路環(huán)境保護資金使用情況審計調(diào)查、失業(yè)保險基金效益審計、重點流域水污染防治情況審計、某公司經(jīng)濟責任審計中的效益審計試點等。地方審計機關(guān)也組織開展了一些效益審計項目，如北京市西城區(qū)審計局開展的什剎海景區(qū)保護與更新改造資金效益審計、青島市開展的麥島污水處理廠效益審計、上海市審計局開展的政府利用外資環(huán)境保護項目效益審計、天津市審計局開展的天津市危舊房屋拆遷資金專項審計調(diào)查、江蘇省審計廳的某市長任期經(jīng)濟責任審計中效益審計試點等。深圳市審計局從2002年組織實施第一個單獨立項的效益審計項目以來，至2005年累計完成了25個獨立的審計項目。特別是近發(fā)布的《審計署2006年至2010年審計工作發(fā)展規(guī)劃》中對審計工作提出了“全面推進效益審計，到2010年初步建立起適合中國國情的效益審計方法體系”的目標要求，并具體規(guī)定了每年投入效益審計的力量占整個審計力量的一半左右，專項審計調(diào)查為效益審計的主要方式，揭露嚴重損失浪費或效益低下和國有資產(chǎn)流失問題為效益審計的重點，促進提高財政資金使用效益和管理水平為效益審計的主要目標。
效益審計一直是審計機關(guān)的法定職責，審計機關(guān)對效益審計的探索隨著社會主義市場經(jīng)濟體制的建立而開展，隨著社會主義市場經(jīng)濟體制的完善而發(fā)展。當市場經(jīng)濟體制從增強企業(yè)活力，實行承包制、股份制，建立現(xiàn)代企業(yè)制度時，效益審計就在企業(yè)審計方面首先進行了探索；當我國政府實施積極的財政政策，增發(fā)長期建設(shè)國債，對市場進行干預時，國家審計開展了公共項目或公共工程投資的效益審計；當黨和國家的中心工作是堅持以人為本，樹立全面、協(xié)調(diào)、可持續(xù)的發(fā)展觀，促進經(jīng)濟社會和人的全面發(fā)展時，國家審計開展了對財政資金使用效益的全面監(jiān)督。隨著法律法規(guī)的完善和權(quán)利責任邊界的明確界定，使準確評價被審計對象的經(jīng)濟責任成為可能；隨著科學發(fā)展觀和構(gòu)建和諧社會的深入，人大、政府和社會公眾對財政資金的使用效益日益關(guān)注；隨著審計機關(guān)“人、法、技”建設(shè)的加強和效益審計技術(shù)方法的完善，審計機關(guān)開展效益審計的能力將進一步增強。我國的效益審計將通過微觀效益審計項目的全面開展，在政策評估、責任界定和資金安全等方面發(fā)揮更大的作用，進一步促進政策的完善、責任的履行和發(fā)展的和諧。