一、有些企業(yè)在利用運(yùn)輸發(fā)票抵扣增值稅方面存在許多問題，從稅務(wù)稽查的角度來看，我們認(rèn)為作為接受運(yùn)輸服務(wù)的企業(yè)，在接受運(yùn)輸服務(wù)取得運(yùn)輸隊發(fā)票進(jìn)行抵扣增值稅時，還應(yīng)該重點注意以下六個方面：
其一，注意發(fā)票開票單位是否合法。稅法明確規(guī)定，開票單位必須是經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)批準(zhǔn)，有自行開具運(yùn)輸發(fā)票資格的企業(yè)，或者是主管地稅局以及經(jīng)省級地稅局批準(zhǔn)委托中介機(jī)構(gòu)代開票單位代開的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票。凡未經(jīng)地稅局認(rèn)定的納稅人開具的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票一律不得作為記賬憑證和增值稅抵扣憑證。
其二，注意驗明具有合法身份的單位和個人所提供的運(yùn)輸票據(jù)是否在法定的期限內(nèi)。舊運(yùn)輸發(fā)票，國稅發(fā)[2003]120號文件規(guī)定，納稅人必須于2003年10月31日前向主管地稅局繳回已經(jīng)領(lǐng)購的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票，經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)審核界定為自開票納稅人的再返還其繼續(xù)使用；未繳回的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票不得開具和使用，也不得作為記賬憑證和增值稅抵扣憑證。因此，納稅人應(yīng)當(dāng)注意檢查其時效性。
其三，自開票納稅人和代開票單位必須按照規(guī)定逐欄、如實填開貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票。凡開具給增值稅一般納稅人的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票，必須填寫該增值稅一般納稅人的名稱和納稅人識別號。自開發(fā)票的，應(yīng)在運(yùn)費(fèi)發(fā)票下方正中央加蓋有開票人識別號、主管地稅局名稱和代碼等內(nèi)容的“開票人專用章”和財務(wù)專用章。此外，《國家稅務(wù)總局關(guān)于加強(qiáng)貨物運(yùn)輸業(yè)稅收征收管理有關(guān)問題的通知》規(guī)定，如果地稅局代開貨運(yùn)發(fā)票時，應(yīng)加蓋代開票地稅局發(fā)票專用章，專用章要有代開票地稅局名稱和地稅局代碼，否則不予抵扣增值稅。
其四，申報抵扣增值稅時的手續(xù)是否符合規(guī)定。取得的所有需計算抵扣增值稅進(jìn)項稅額的運(yùn)輸發(fā)票，應(yīng)根據(jù)相關(guān)運(yùn)輸發(fā)票逐票填寫《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》，增值稅一般納稅人必須填寫其中的“取得運(yùn)輸發(fā)票單位名稱及識別號”欄，否則，所取得的運(yùn)費(fèi)發(fā)票不能作為增值稅進(jìn)項抵扣憑證。因此，納稅人必須特別注意，在錄入《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》信息采集軟件時應(yīng)細(xì)心，如果某些地方輸入錯誤，經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)與開具的電子信息比對不符，那么該筆運(yùn)輸發(fā)票的進(jìn)項稅額不得抵扣。增值稅一般納稅人取得的內(nèi)海及近海貨物運(yùn)輸發(fā)票，可暫填寫在《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》內(nèi)河運(yùn)輸欄內(nèi)。
其五，增值稅一般納稅人取得稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)定為自開票納稅人的聯(lián)運(yùn)單位和物流單位開具的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票準(zhǔn)予計算抵扣進(jìn)項稅額。準(zhǔn)予抵扣的貨物運(yùn)費(fèi)金額是指自開票納稅人和代開票單位為代開票納稅人開具的貨運(yùn)發(fā)票上注明的運(yùn)費(fèi)、建設(shè)基金和現(xiàn)行規(guī)定允許抵扣的其他貨物運(yùn)輸費(fèi)用；裝卸費(fèi)、保險費(fèi)和其他雜費(fèi)不予抵扣。貨運(yùn)發(fā)票應(yīng)當(dāng)分別注明運(yùn)費(fèi)和雜費(fèi)，對未分別注明，而合并注明為運(yùn)雜費(fèi)的不予抵扣。
其六，申報抵扣增值稅的時間是否符合規(guī)定。納稅人取得的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票，可以在自發(fā)票開具日90天后的第一個納稅申報期結(jié)束以前申報抵扣，超過90天的不得予以抵扣。
二、另外還有一些特殊情況的運(yùn)輸發(fā)票抵扣
1、鐵路貨票。鐵路貨物運(yùn)輸中多存在：有的納稅人自身運(yùn)輸量少，無法以本公司名義向鐵路局單獨申請車皮計劃，故多被鐵路局歸并至一集合戶名下；或因自身貨物需盡快發(fā)送，而借用他公司已申請但尚未使用的車皮計劃，等情形（其詳盡原因已超出筆者的知識掌控范圍，只能簡要述其可能大意），而此時就會導(dǎo)致取得的鐵路貨票上有兩個公司名稱，如：
實例1：某企業(yè)由河南購入煤炭，取得的鐵路貨票上為“河南玉泉煤炭銷售有限公司轉(zhuǎn)客戶公司名稱”，稅務(wù)局不予抵扣，理由是收貨人名稱不是、至少第一收貨人名稱并不是購煤企業(yè)。客戶每年支出大額此項貨物運(yùn)輸費(fèi)用，相應(yīng)進(jìn)項稅額的損失自然相當(dāng)大。
一般納稅人購進(jìn)或銷售貨物（東北以外地區(qū)固定資產(chǎn)除外）通過鐵路運(yùn)輸，并取得鐵路部門開具的運(yùn)輸發(fā)票，如果鐵路部門開具的鐵路運(yùn)輸發(fā)票托運(yùn)人或收貨人名稱與其不一致，但鐵路運(yùn)輸發(fā)票托運(yùn)人欄或備注欄注有該納稅人名稱的（手寫無效），該運(yùn)輸發(fā)票可以作為進(jìn)項稅額抵扣憑證，允許計算抵扣進(jìn)項稅額。
其一，注意發(fā)票開票單位是否合法。稅法明確規(guī)定，開票單位必須是經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)批準(zhǔn)，有自行開具運(yùn)輸發(fā)票資格的企業(yè)，或者是主管地稅局以及經(jīng)省級地稅局批準(zhǔn)委托中介機(jī)構(gòu)代開票單位代開的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票。凡未經(jīng)地稅局認(rèn)定的納稅人開具的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票一律不得作為記賬憑證和增值稅抵扣憑證。
其二，注意驗明具有合法身份的單位和個人所提供的運(yùn)輸票據(jù)是否在法定的期限內(nèi)。舊運(yùn)輸發(fā)票，國稅發(fā)[2003]120號文件規(guī)定，納稅人必須于2003年10月31日前向主管地稅局繳回已經(jīng)領(lǐng)購的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票，經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)審核界定為自開票納稅人的再返還其繼續(xù)使用；未繳回的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票不得開具和使用，也不得作為記賬憑證和增值稅抵扣憑證。因此，納稅人應(yīng)當(dāng)注意檢查其時效性。
其三，自開票納稅人和代開票單位必須按照規(guī)定逐欄、如實填開貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票。凡開具給增值稅一般納稅人的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票，必須填寫該增值稅一般納稅人的名稱和納稅人識別號。自開發(fā)票的，應(yīng)在運(yùn)費(fèi)發(fā)票下方正中央加蓋有開票人識別號、主管地稅局名稱和代碼等內(nèi)容的“開票人專用章”和財務(wù)專用章。此外，《國家稅務(wù)總局關(guān)于加強(qiáng)貨物運(yùn)輸業(yè)稅收征收管理有關(guān)問題的通知》規(guī)定，如果地稅局代開貨運(yùn)發(fā)票時，應(yīng)加蓋代開票地稅局發(fā)票專用章，專用章要有代開票地稅局名稱和地稅局代碼，否則不予抵扣增值稅。
其四，申報抵扣增值稅時的手續(xù)是否符合規(guī)定。取得的所有需計算抵扣增值稅進(jìn)項稅額的運(yùn)輸發(fā)票，應(yīng)根據(jù)相關(guān)運(yùn)輸發(fā)票逐票填寫《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》，增值稅一般納稅人必須填寫其中的“取得運(yùn)輸發(fā)票單位名稱及識別號”欄，否則，所取得的運(yùn)費(fèi)發(fā)票不能作為增值稅進(jìn)項抵扣憑證。因此，納稅人必須特別注意，在錄入《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》信息采集軟件時應(yīng)細(xì)心，如果某些地方輸入錯誤，經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)與開具的電子信息比對不符，那么該筆運(yùn)輸發(fā)票的進(jìn)項稅額不得抵扣。增值稅一般納稅人取得的內(nèi)海及近海貨物運(yùn)輸發(fā)票，可暫填寫在《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》內(nèi)河運(yùn)輸欄內(nèi)。
其五，增值稅一般納稅人取得稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)定為自開票納稅人的聯(lián)運(yùn)單位和物流單位開具的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票準(zhǔn)予計算抵扣進(jìn)項稅額。準(zhǔn)予抵扣的貨物運(yùn)費(fèi)金額是指自開票納稅人和代開票單位為代開票納稅人開具的貨運(yùn)發(fā)票上注明的運(yùn)費(fèi)、建設(shè)基金和現(xiàn)行規(guī)定允許抵扣的其他貨物運(yùn)輸費(fèi)用；裝卸費(fèi)、保險費(fèi)和其他雜費(fèi)不予抵扣。貨運(yùn)發(fā)票應(yīng)當(dāng)分別注明運(yùn)費(fèi)和雜費(fèi)，對未分別注明，而合并注明為運(yùn)雜費(fèi)的不予抵扣。
其六，申報抵扣增值稅的時間是否符合規(guī)定。納稅人取得的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票，可以在自發(fā)票開具日90天后的第一個納稅申報期結(jié)束以前申報抵扣，超過90天的不得予以抵扣。
二、另外還有一些特殊情況的運(yùn)輸發(fā)票抵扣
1、鐵路貨票。鐵路貨物運(yùn)輸中多存在：有的納稅人自身運(yùn)輸量少，無法以本公司名義向鐵路局單獨申請車皮計劃，故多被鐵路局歸并至一集合戶名下；或因自身貨物需盡快發(fā)送，而借用他公司已申請但尚未使用的車皮計劃，等情形（其詳盡原因已超出筆者的知識掌控范圍，只能簡要述其可能大意），而此時就會導(dǎo)致取得的鐵路貨票上有兩個公司名稱，如：
實例1：某企業(yè)由河南購入煤炭，取得的鐵路貨票上為“河南玉泉煤炭銷售有限公司轉(zhuǎn)客戶公司名稱”，稅務(wù)局不予抵扣，理由是收貨人名稱不是、至少第一收貨人名稱并不是購煤企業(yè)。客戶每年支出大額此項貨物運(yùn)輸費(fèi)用，相應(yīng)進(jìn)項稅額的損失自然相當(dāng)大。
一般納稅人購進(jìn)或銷售貨物（東北以外地區(qū)固定資產(chǎn)除外）通過鐵路運(yùn)輸，并取得鐵路部門開具的運(yùn)輸發(fā)票，如果鐵路部門開具的鐵路運(yùn)輸發(fā)票托運(yùn)人或收貨人名稱與其不一致，但鐵路運(yùn)輸發(fā)票托運(yùn)人欄或備注欄注有該納稅人名稱的（手寫無效），該運(yùn)輸發(fā)票可以作為進(jìn)項稅額抵扣憑證，允許計算抵扣進(jìn)項稅額。