中國的行政機(jī)關(guān)、審判機(jī)關(guān)、檢察機(jī)關(guān)由人民代表大會產(chǎn)生，向其負(fù)責(zé)，受其監(jiān)督。然而，中國的政府兩院不能反過來制約國家權(quán)力機(jī)關(guān)。本案中，李慧娟法官在法律推理的基礎(chǔ)上，可以直接適用全國人大常委會制定的種子法，卻不能宣告地方性法規(guī)無效，從而挑戰(zhàn)地方國家權(quán)力機(jī)關(guān)的權(quán)威。也許有人為李法官辯護(hù)，認(rèn)為她在維護(hù)國家法制的統(tǒng)一和尊嚴(yán)，甚至最終會導(dǎo)致違反上位法的地方性法規(guī)被撤銷或立法機(jī)關(guān)自行更改，但就實(shí)證法而言，它必定與中國當(dāng)下的人大制度存在抵觸。人大制度是一回事，人大制度完善是另一回事。
最后，李慧娟法官的正確做法，也許應(yīng)該停止案件的審判，將此案逐級報(bào)法院，由法院提請全國人大常委會審查該地方立法是否合法，由權(quán)力機(jī)關(guān)處理法規(guī)之間的沖突問題。因?yàn)槲覈⒎ǚㄒ?guī)定，法院有權(quán)向全國人大常委會提出法規(guī)審查的建議。當(dāng)然，依據(jù)立法法的實(shí)體規(guī)定，李慧娟法官也可以個(gè)人的名義向全國人大常委會提出法規(guī)審查的建議，由常委會的相關(guān)工作機(jī)關(guān)決定是否啟動審查程序。
最后，李慧娟法官的正確做法，也許應(yīng)該停止案件的審判，將此案逐級報(bào)法院，由法院提請全國人大常委會審查該地方立法是否合法，由權(quán)力機(jī)關(guān)處理法規(guī)之間的沖突問題。因?yàn)槲覈⒎ǚㄒ?guī)定，法院有權(quán)向全國人大常委會提出法規(guī)審查的建議。當(dāng)然，依據(jù)立法法的實(shí)體規(guī)定，李慧娟法官也可以個(gè)人的名義向全國人大常委會提出法規(guī)審查的建議，由常委會的相關(guān)工作機(jī)關(guān)決定是否啟動審查程序。