由于會計核算的原則與稅前扣除辦法規(guī)定有所不同，故在收益的確認、期末計價及成本構成等也有差異。
收益確認的差異
會計制度規(guī)定：只確認處置收益，不確認持有收益。持有期間發(fā)生的現(xiàn)金股利或利息收入應于實際收到時沖減投資的賬面價值（但己計入應收項目的除外）。
稅法規(guī)定：要確認持有收益，被投資單位賬務上做利潤分配處理時（不是收付實現(xiàn)制），投資方應確認投資所得的實現(xiàn)。
期末計價差異
會計制度規(guī)定：短期投資的期末計價采用成本與市價孰低原則。當市價低于賬面價值時，按其差額計提跌價準備，當其市價又得以恢復時，應在原計提限額內轉回。
稅法規(guī)定：短期投資期末按實際成本計價。期末計提跌價準備不得在稅前扣除，需做納稅調整。
成本構成差異
會計制度規(guī)定：按取得時的實際成本入賬（實際成本包括稅金及手續(xù)費等），持有期間收到的股息從投資成本中扣除，從被投資方取得的股票股利，只做備查登記其增加股份，不調整投資成本。
稅法規(guī)定：實際收到分配的股息不得從成本中扣除，從被投資方取得股票股利，應按票面值作為股息性所得處理，并增加計稅成本。
為投資發(fā)生的借款費用，稅務規(guī)定計入投資成本；會計規(guī)定計入當期損益。
兩種所得差異
股息性所得是投資單位從被投資單位所得稅后凈利潤中分得的，應按差別稅率補交所得稅，減、免稅形成的除外。
投資轉讓所得是指投資單位轉讓股權的收入與投資成本（不是賬面價值）之間的差額，應全額并入應納稅所得額計稅。
注意，國債持有收益免征企業(yè)所得稅，國債處置收益應并入企業(yè)所得交納企業(yè)所得稅。
收益確認的差異
會計制度規(guī)定：只確認處置收益，不確認持有收益。持有期間發(fā)生的現(xiàn)金股利或利息收入應于實際收到時沖減投資的賬面價值（但己計入應收項目的除外）。
稅法規(guī)定：要確認持有收益，被投資單位賬務上做利潤分配處理時（不是收付實現(xiàn)制），投資方應確認投資所得的實現(xiàn)。
期末計價差異
會計制度規(guī)定：短期投資的期末計價采用成本與市價孰低原則。當市價低于賬面價值時，按其差額計提跌價準備，當其市價又得以恢復時，應在原計提限額內轉回。
稅法規(guī)定：短期投資期末按實際成本計價。期末計提跌價準備不得在稅前扣除，需做納稅調整。
成本構成差異
會計制度規(guī)定：按取得時的實際成本入賬（實際成本包括稅金及手續(xù)費等），持有期間收到的股息從投資成本中扣除，從被投資方取得的股票股利，只做備查登記其增加股份，不調整投資成本。
稅法規(guī)定：實際收到分配的股息不得從成本中扣除，從被投資方取得股票股利，應按票面值作為股息性所得處理，并增加計稅成本。
為投資發(fā)生的借款費用，稅務規(guī)定計入投資成本；會計規(guī)定計入當期損益。
兩種所得差異
股息性所得是投資單位從被投資單位所得稅后凈利潤中分得的，應按差別稅率補交所得稅，減、免稅形成的除外。
投資轉讓所得是指投資單位轉讓股權的收入與投資成本（不是賬面價值）之間的差額，應全額并入應納稅所得額計稅。
注意，國債持有收益免征企業(yè)所得稅，國債處置收益應并入企業(yè)所得交納企業(yè)所得稅。