馬德里康普頓斯大學共有11個大學學院，其中有5個是大學基礎普及教育學院，6個是大學專業(yè)學院（企業(yè)研究學院、光學學院、統計學學院、護理與理療學院、社會工作學院、圖書館學與文獻學院）。學院的學制通常為3年，主要從事大學基礎教育。
馬德里康普頓斯大學的專業(yè)包括醫(yī)學、農林類、工程技術、美術、音樂、生物學、會計學、工商管理、金融學、管理信息系統、市場營銷學、計算機和信息技術、教育學、英語、外國語言和文學、健康學、護理學、數學、歷史學、心理學、宗教學、物理學、化學、哲學、社會學等。
馬德里康普頓斯大學的科系完整，課程由古典文學到尖端科技均有開辦。學生的選擇甚多，其中以藥學、法律、政治、教育、地質學、藥劑、獸醫(yī)等學科為有名。學制為5年，前三年主要是基礎及共同科目，后兩年則是專業(yè)科目